Георгий Рюриков (barson) wrote,
Георгий Рюриков
barson

Кунин и древо жизни




Хотел написать серьёзный текст про книгу Кунина, но, видимо, мне это не по зубам. Ограничусь отдельными соображениями. Соображение первое. Кунин много пишет о «падении филогенетического древа».

«Таким образом, идеальное ДЖ оказалось химерой, поскольку широко распространенный ГПГ приводит к тому, что древо любого отдельного гена не является точным отображением эволюции целых геномов. Осознание того, что ГПГ среди прокариот является доминирующей формой эволюции, а не редким процессом, привело к идее «выкорчевывания» ДЖ» (с. 176).

Под «древом жизни» понимается древо предков и потомков. Читаем на с. 174: «Концепция древа жизни (ДЖ) в ее современном значении была впервые представлена Дарвином в его записных книжках еще в 1838 году. ... Тем не менее именно Дарвину принадлежит плодотворная идея о том, что различные виды связаны между собой древом, причем листья соответствуют существующим в настоящее время видам, а внутренние вершины – вымершим, предковым формам». Итак, речь идёт именно о предках и потомках, а не просто о «донорах генов».

По-моему, даже при очень большой горизонтальной компоненте, «путающей карты», говорить об отсутствии «древовидной компоненты» нельзя. Так как «вертикально» всегда что-то передаётся, это и есть «древовидная компонента». И если методы, которыми работает Кунин, не позволяют её с достаточной уверенностью выделить, то это не означает, что её нет. Она объективно есть.

Проблема тут, на мой взгляд, исключительно в нетождественности «деревьев генов» и «деревьев организмов». Если нас интересует эволюция генов, то сама постановка вопроса о «падении филогенетического древа» оказывается ложной, так как у генов есть единственный способ передачи наследственной информации – репликация. Различие между ортологами, паралогами, и ксенологами появляется лишь тогда, когда мы начинаем говорить об организмах.

Если же нас интересует эволюция организмов, то дерево здесь традиционно описывает происхождение организмов, – то есть вертикальную компоненту. «Я произошёл от...» подразумевает цепочку поколений, появляющихся путём размножения организмов. В этом смысле я произошёл от своего прадедушки (и получил от него какие-то гены), я произошёл от своего очень далёкого пра-пра…прадедушки (хотя, возможно, не унаследовал от него ни единого нуклеотида), но я не произошёл от случайного прохожего (от которого мне, возможно, достались некоторые вирусные последовательности).

Всё это указывает скорее не на «падение филогенетического древа», а на то, что метод анализа геномов просто-напросто не подходит для изучения филогении на уровне организмов или выше (точнее, конечно, не «не подходит», а имеет существенные ограничения). Древовидная компонента в филогении существует просто по определению, – но гены действительно далеко не всегда передаются в соответствии с ней.
Tags: Книги, Кунин, Наука, Размышления, Рецензии
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 10 comments