Category: лытдыбр

Category was added automatically. Read all entries about "лытдыбр".

M2017_1


04.08.17.

В поезд вчера загрузились на удивление довольно успешно. Вагон у нас какой-то почти пустой — только ещё в двух-трёх купе кто-то есть. Барахла, конечно, у нас много, ну, собственно, ради чего мы и едем поездом. Самое смешное, что мы везём с собой скелет жирафа. Ещё раз, по буквам: СКЕЛЕТ ЖИРАФА. В купе. Вы представляете себе, какого размера жираф? Так вот, полный скелет жирафа распихан по двум огромным сумкам и едет с нами. Это длинная история, в Улан-Баторе есть один мужик, у которого наш музей выпросил в своё время скелет лошади Пржевальского. В обмен на скелет жирафа. Понимаете, в Монголии нет жирафов. Это, вероятно, будет единственный скелет жирафа во всей Монголии. У этого мужика там какие-то коммерческие соображения по его использованию, и вот мы… Это, конечно, контрабанда. То есть мы должны прятать ЭТО от таможенников. Я помню и знаю, как прятать живых хомячков. Как прятать пробирки с образцами. Как провезти бутылки со спиртом. Но, чёрт возьми, скелет жирафа! Таможенники на границе здесь реально лазят по сумкам. Ладно, посмотрим. Сюр какой-то.

У проводника версия, что мы едем искать динозавров. Наверно, это неплохая априорная гипотеза — исходя из имеющейся у него информации. Мы странные люди со странным барахлом, не похожие на простых туристов (а в этом поезде ездят в основном туристы, подчас из довольно экзотических стран). Так что это за странные люди едут в Монголию? Правильно, палеонтологи. Может, показать ему жирафа, и сказать, что это динозавр, — и мы едем его закапывать?..

Пермь. Коллеги с удивлением обнаруживают, что я не читал "Географ глобус пропил". Скачал, начал читать. Нравится.

Едем. За окном первый коршун, скоро их будет как грязи.

Говорят, на зверьках, которых мы будем ловить, давеча нашли гепатит Е. Ну и чума, разумеется, но это уж стандартно. Ещё можно очень неприятно заболеть эхинококкозом, но мне кажется, вероятность не такая уж большая, если мыть руки и не обниматься с местными пастушьими собаками (а с ними не особо пообнимаешься).


Кстати

Утверждение, что ЖЖ удаляет старые посты, по моим наблюдениям не соответствует действительности. Они действительно с какого-то момента перестают быть видны при пролистывании, но они не удалены и могут быть найдены с помощью функции "календарь". Во всяком случае, у меня так.

Заметки на полях

livelogic:
не очень понятно, что Вы имеете ввиду под:
>ДНК не содержит буквально всю информацию об организме (это просто теоретически невозможно)
Если там не вся информация, то сколько из скольки?


Спасибо, я, честно говоря, ждал этого вопроса. Но не уверен, что это войдёт в основной текст, поэтому, наверно, сейчас вынесу это в отдельный пост.

Что в ДНК не вся информация, по идее ясно уже из того факта, что выделенная в чистом виде ДНК сама по себе не порождает организм. Как обычно пишут в таких случаях — нужен «компетентный читатель». Компетентный — значит, обладающий нужной информацией. Которой нет в самом читаемом им «тексте».

Я понимаю информацию об объекте как всю совокупность характеристик, свойств и качеств объекта. Передача информации от одного объекта к другому — это когда свойства одного влияют на свойства другого. Таким образом, в самом общем виде, передача информации — это примерно то же самое, что и причинность. Скажем, если событие А1 определяет событие В1, а событие А2 определяет событие В2, то «тип события А» содержит информацию о «типе события В». Таким образом, получается, что информацию о фенотипе надо искать во всей совокупности факторов, влияющих на фенотип (иными словами, определяющих ход развития).

Если говорить именно о наследственной информации, то необходимо иметь в виду, что по наследству никогда не передаётся «чистая ДНК». Всегда передаётся нечто большее. Как минимум речь идёт о зиготе, и очевидно, что содержащаяся в ней ДНК — далеко не единственный фактор, определяющий её дальнейшее развитие. Тип дробления, некоторые характерные особенности бластуляции и гаструляции — на всё это влияют тупо такие вещи, как форма яйцеклетки и распределение желтка. Если попытаться их искусственно изменить, нормального развития может не получиться. Это, впрочем, кажется очевидным, но ведь это именно означает, что эти особенности яйцеклетки и содержат информацию о последующих стадиях.

На это любят напирать адепты ЭТЭ, например:

Генотип как вся наследственная информация организма не может быть локализован в первичных структурах нуклеиновых кислот, он является аспектом фенотипа, а не его частью, и в этом смысле не представляет собой самостоятельной сущности.
...
Генотип как материальный носитель всей наследственной информации тождественно совпадает с фенотипом, поскольку: а) в отсутствие компетентного получателя (читателя) бессмысленно говорить об определённом содержании информации; б) преемственность (в том числе и между поколениями) обеспечивает в конечном счёте вся структура организма целиком.
(Раутиан А. С. О природе генотипа и наследственности. ЖОБ, 1993, Т. 54, №2. С. 131-148).

Программа нормального формообразования заключена в общей организации зародыша, а не в единицах хромосомного аппарата.
(Шишкин М. А. Индивидуальное развитие и уроки эволюционизма. Онтогенез, 2006, т. 37, №3. С. 179-198).


Это всё имеет большое внешнее сходство с лысенковщиной:

Наследственностью обладают не только хромосомы, но живое тело вообще, любая его частичка. Поэтому будет неправильным, исходя из того, что хромосомы обладают свойством наследственности, считать их в организме и в клетке особым наследственным веществом или органом наследственности.
(Лысенко Т. Д., «Генетика» — статья в БСЭ).

Академик Т. Д. Лысенко учит, что материальным носителем наследственности является всё то, что есть живого в каждой клетке. Любая частица живого тела, способная питаться, расти и размножаться, т. е. обладающая основными признаками живого, обладает свойством наследственности. Изменение наследственности живого организма является следствием изменений самого развивающегося тела организма, а не следствием изменения особого вещества наследственности.
(Беленький Н. Г., речь на сессии ВАСХНИЛ 1948).


Существенная разница, однако, в том, что Лысенко и его сторонники отрицали существование специального «вещества наследственности» вообще, а Шишкин и Раутиан этого, разумеется, не делают. ДНК действительно является особым, специально выделенным субстратом наследственной информации, где информация о фенотипе не просто содержится, но закодирована с помощью легко формализуемого кода. Там есть семантика — в отличие от передачи информации как просто причинности, в ДНК чётко отделена информация о первичной структуре белков от информации о правилах чтения («шифровка» и «ключ» — это разные документы). «Цифровую» информацию ДНК (которая в форме последовательности нуклеотидов) легко измерить и выразить в байтах.

Но полную информацию о фенотипе измерить гораздо сложнее. Во-первых, признаки фенотипа, даже наследуемые, зависят не только от ДНК, а от других «внутренних» факторов. Во-вторых, если «наследуемые» определить как «устойчиво воспроизводимые», окажется, что воспроизводимость многих из них обусловлена воспроизводимостью среды. В каком-то смысле среда ведь тоже наследуется — организм оказывается в той же атмосфере, или с примерно теми же концентрациями веществ вокруг, в конце концов, гравитация та же самая, много чего. Если вместо «ожидаемой» среды подсунуть другую — нормального развития не получится. Таким образом, среда в каком-то смысле тоже содержит информацию о наследуемых признаках фенотипа.

А вот посчитать, какая доля информации где содержится, — у меня нет идей как. Фенотип-то аналоговый. «Цифровать» его на признаки с конечным числом состояний, что обычно делается при описании фенотипа, можно, но мы никогда не перечислим всё. Проблема в том, что измерять информацию мы можем только при условии, что мы «договорились» о числе возможных вариантов, из которых мы выбираем. К примеру, сколько информации содержит число 11010001? Один байт? А вот и нет. Всё зависит от того, какой системой счисления мы пользуемся. Если «разрешены» только нолики и единички, то да, один байт. А если я могу использовать цифры от нуля до девятки, то информации гораздо больше. А если на месте цифр имеют право быть, скажем, яблоки или апельсины, то ещё больше.

Таким образом, получается, что информация о фенотипе — это выбор из вариантов «каким мог бы быть фенотип», но возможность определить число этих вариантов ограничивается только лишь нашей фантазией. Скажем, что организм состоит из атомов — это признак фенотипа? А где он записан? Если по признаку нет изменчивости — мы обычно не считаем его признаком. На то он и признак, чтобы на его основании организм можно было признать, то есть отличить от других. Но понятно, что набор признаков, по которым есть изменчивость, — он довольно произволен, он мог бы быть иным, если бы эволюция пошла немного по-другому. Поэтому и посчитать всю информацию не получается.

Я так это понимаю.

...

Все так обсуждают эксперимент Сёрла, как будто он на самом деле возможен. Мне так кажется, что у Сёрла примерно столько же шансов в своей комнате реально имитировать китайский язык, сколько у черепахи убежать от Ахиллеса.

Истинное значение слова из трёх букв


Меня однажды спросили, можно ли сделать прибор, который сможет отличать ГМО от не-ГМО. Я ответил, что нет, – если ставится задача выявлять любой продукт, содержащий ГМО, про который заранее вообще ничего не известно, то это невозможно. На лице моего собеседника отразился испуг: опасно оно или нет, такая «конспиративность» настораживает сама по себе. А как же возможность выбора, мы должны знать, что мы едим, и всё такое... И мне, кажется, тогда так и не удалось объяснить ему, что это не плохие новости, а скорее хорошие.

Про ГМО говорят и пишут довольно много. И глупостей много, и комментариев от грамотных и умных людей тоже уже не так уж мало. Не буду здесь называть этих людей поимённо, но я очень благодарен им за их работу; меня очень радует, что есть фронт борьбы с невежеством, и многое сделано, чтобы дать возможность разобраться в этой теме хотя бы людям, которые действительно честно хотят разобраться. О том, что такое генная инженерия, и как это работает, о том, какие на данный момент имеются генномодифицированные сорта, и чего можно было бы добиться, но пока не получается. В конце концов, о том, что такое гены, и почему их нет в «модифицированном крахмале». Накопился довольно большой объём комментариев к публикациям, в которых делались попытки экспериментально показать вред ГМО, в частности, нашумевшей статье Сералини...

О совсем очевидных вещах не пишут, разумеется. Никому не придёт в голову объяснять, что если нечто действует благодаря какой-то своей особенности, то эта особенность у него должна быть.
Collapse )

Кунин и вирусы




[1], [2], [3].

Время от времени вспыхивают дискуссии на занимательную тему – являются ли вирусы «живыми». ... Неудачным последствием отрицания статуса «живых» за вирусами будет то, что тогда вирусы не будут иметь очевидного отношения к эволюции клеточных форм жизни. В этой и следующей главах мы увидим, что это противоречило бы действительности”. (с. 335).

Кунин не уклоняется от холивара «вирусы живые или нет» и чётко обозначает свою позицию: он в числе тех, кто считает, что вирусы живые. И что они могут быть включены в общую классификацию форм жизни: “С этой точки зрения наибольший смысл имеет разделение всех известных форм жизни на две «империи»: вирусов и клеточных форм (Koonin, 2010d). Эти две империи сильно отличаются друг от друга, но постоянно обмениваются генами”. (с. 461).

Такой подход, прежде всего, требует определения «форм жизни», и Кунин не уклоняется и от этого: “...любой стабильный во времени репликатор является формой жизни”. (c. 395). Определение это будет понятным, только если разъяснить, что здесь понимать под «стабильностью во времени». Есть и про это: “Во-первых, рассматривая три сценария происхождения вирусов, мы говорим о вирусах (или вирусных геномах) как о «независимо эволюционирующих генетических элементах». Много, и, в некоторых вирусах, возможно, большинство, вирусных генов может быть клеточного происхождения (см. рис. 10-2), но вирусы как (квази)автономные сущности, по-видимому, не имеют клеточных корней”. (с. 358). Что значит «не имеют клеточных корней» (если учесть, что всякая вирусная частица собрана так или иначе в клетке), мне не совсем понятно. Тут ещё хочу вспомнить, что термин «репликатор» использовал Докинз, и, если понимать этот термин хоть сколько-то близко к тому, что имел в виду он, то окажется, что это даже не отдельный ген, а что-то ещё меньшее. Неужели это и есть по Кунину «формы жизни»? Непохоже, чтобы так: “Все существующие формы жизни размножаются как клетки или внутри клеток”. (с. 390). То есть понятие «формы жизни» применяется к системам разных уровней, что, на мой взгляд, как-то не комильфо.

Впрочем, как выглядит по Кунину определение того, что такое вирусы? Вот оно: “Здесь мы определим вирусы следующим, очень общим образом: «облигатные внутриклеточные паразиты или симбионты, обладающие собственными геномами, кодирующими информацию, необходимую для вирусной репродукции (отсюда некоторая степень автономии от генетических систем хозяина), но не кодирующими всю систему трансляции и мембранного аппарата». Это определение подойдет ко всякому «по-настоящему» эгоистичному генетическому элементу. Ключевая фраза тут «кодирующие информацию, необходимую для вирусной репродукции, а, следовательно, обладающие некоторой степенью автономии от генетических систем хозяина». Таким образом, обычные гены и опероны под это определение не подойдут, даже если обладают некоторыми эгоистическими чертами, потому что не кодируют никаких специальных приспособлений для самовоспроизведения. Таким образом, это определение охватывает все обширное множество биологических объектов, кодирующих «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не систему трансляции и мембраны”. (с. 334).

Это для меня, что называется, «всё чудесатее и чудесатее». «Обычные гены» под это определение не подойдут, но под него не подойдут и обычные вирусные гены, если брать их по отдельности. Если же мы говорим о неких совокупностях, то «обычные гены», разумеется, кодируют «специальное приспособление для самовоспроизведения» – оно называется «организм». С другой стороны, всякий ген, участвующий в естественном отборе, кодирует «нечто», необходимое для самовоспроизведения, но не всю систему в целом.

Идея

Наконец-то придумал пример, объясняющий разницу между понятиями "автотрофы" и "продуценты". Это пара "пол" и "гендер". К сожалению, большинство моих учеников это не поймёт. Может, ещё что-то похожее есть?

Кунин и возраст генов




Разговор об эволюции генов начинается с того же самого утверждения, что и разговор об эволюции видов – виды происходят от других видов, а гены происходят от других генов. «Деревья» генов строятся на тех же (в общих чертах) основаниях, что и «деревья» видов; и важный, но, возможно, несколько неутешительный вывод заключается в том, что они плохо соответствуют друг другу (я писал об этом в прошлом посте).

В отличие от видов, которые просто дивергируют, гены могут расходиться разными способами – следовать за размножением организмов (ортологи), уходить в другую аллельную группу (паралоги) и передаваться другим организмам (ксенологи). Эти варианты трактуются как разновидности гомологии, что само по себе уже порождает затруднение. Понятие гомологии в данном случае явно не аналогично ни одному из многочисленных определений гомологии для морфологических структур. Дерево описывает степень родства, и мы говорим, например, что леопард и тигр более родственны между собой, чем с медведем, но мы не говорим, что они «гомологичны».

В этой связи проблематичным становится определение «возраста генов», которым пользуется Кунин. Если мы имеем дерево генов, то никакого «рождения генов» на нём не происходит (считать таковым каждую точку дивергенции невозможно, так как это каждая репликация). Кунин даёт такое определение: “«Эволюционный возраст» соответствует самому старому таксономическому узлу, в котором могут быть определены гомологи для белка, производимого данным геном.” (с. 74). «Могут быть определены» – не слишком ли субъективное определение возраста, ведь оно фактически завязано на ограничения метода, которым мы пользуемся?

Читаем далее: “Один из выводов состоит в том, что характерная продолжительность жизни животного гена в этих линиях охватывает по меньшей мере сотни миллионов лет.” (с. 86). Откуда же ген берётся и куда он девается потом? И сразу парадоксальный ответ на этот вопрос: “Несмотря на частую потерю в отдельных эволюционных линиях, гены характеризуются чрезвычайной долговечностью, и многие из них, возможно, бессмертны.” (там же). Итак, ген может «потеряться» (видимо, это и есть «смерть гена»), но он должен «потеряться» со всеми своими гомологами. Я могу представить себе вымирание семейства или отряда, но вымирание «всех родственников» – непонятно что, так как не определена степень родства. Может быть, нужна иерархическая таксономия для генов вместо субъективного различения «гомологи / не гомологи»?